Cumhurbaşkanı Erdoğan tarafından atanan Boğaziçi Üniversitesi Rektörü Naci İnci'nin yönetimi, akademisyenleri uzaklaştırıp tanıdık kişilere işe alma ve lojman tahsis etme iddialarıyla gündemde. İletişim ve hukuk fakülteleri, kadrolaşma amacıyla kullanılan yapılar olarak nitelendiriliyor. İddialara göre, yönetimle ilişkili kişilere ve hülle yoluyla makam sahibi olanlara lojman tahsis edilmiş. Fakülte sekreterlikleri, şube müdürlüğüne atamalar için bir basamak olarak kullanılıyor ve bu durum Sayıştay raporlarına yansıyor.