Kanal İstanbul projesi, çevresel, askeri, diplomatik ve siyasi açılardan yıllar boyunca eleştirildi. Projenin denizin iklim dengesini bozacağı, su havzaları ve ormanlara zarar vereceği, İstanbul'un daha plansız ve kaotik bir şehir haline geleceği, nüfus ve bina yoğunluğunun artarak beklenen depremde can kaybını artıracağı ve hatta depremi tetikleyebileceği iddia edildi. Buna rağmen, hükümet projeye devam kararı aldı ve ÇED raporu onaylandı. Kamuoyu araştırmaları, halkın büyük çoğunluğunun projeye karşı olduğunu gösterirken, eski Çevre ve Şehircilik Bakanı Murat Kurum, projeye itiraz edenleri eleştirdi.