Boğaziçi Üniversitesi'nde Melih Bulu'nun rektör olarak atanmasının ardından başlayan protestolar sırasında öne çıkan Alparslan Çepni, özel güvenlik müdürlüğüne vekaleten atandıktan sonra, 9 Ocak 2023'te iletişim fakültesine sekreter olarak atandı. Bu atama, 'kayyım rektör' olarak adlandırılan Naci İnci ve genel sekreter Hasan Fehmi Topal'ın imzasını taşıyor. Çepni'nin sendikal faaliyetleri ve güvenlik görevlilerini Türk Eğitim Sen'e üye yapması da dikkat çekiyor. Ayrıca, Boğaziçi Üniversitesi'ne yeni kurulan hukuk ve iletişim fakülteleri ve bu fakültelerin yönetimindeki isimler hakkında da tartışmalar bulunuyor.