Boğaziçi Üniversitesi'nde daha önce görevden alınan dekanların yerine atanan kayyım dekanlardan biri olan Murat Önder, siyaset bilimi ve kamu yönetimi alanında kendisi için özel olarak açılan profesörlük kadrosuna atandı. Bu kadro ilanı, Önder'in akademik ve profesyonel özelliklerine özel olarak uygun hale getirilmişti. Önder, daha önce Boğaziçi Üniversitesi'nde zorla doktora dersi açtırarak ilanın gerektirdiği 'öğretim dili İngilizce olan yükseköğretim kurumlarında en az bir yıl ders verme tecrübesi' şartını da yerine getirmiş oldu. Ayrıca Önder, üniversitenin yönetim kurulunda da yer almakta ve siyaset bilimi ve uluslararası ilişkiler bölümünün başkanlığını yürütmekte.