Afrika penguenlerinin sayısı, endüstriyel balıkçılık, akaryakıt sızıntıları ve iklim değişikliği gibi insan kaynaklı faktörler nedeniyle azalmaktadır. Güney Afrika'nın Western Cape bölgesindeki Simon’s Town sahilinde yaşayan bu penguenler, Uluslararası Doğa Koruma Birliği'nin (IUCN) kırmızı listesinde yer almaktadır. Balık eksikliği, su altı gürültü kirliliği ve bazı salgın hastalıklar da nüfus düşüşünün önemli sebepleri arasında yer almaktadır.